Sáu người bị kết tội "chủ mưu" bị đóng cũi giải về Huế và nhận lãnh án lăng trì, trong đó có con trai của Lê Văn Khôi mới 8 tuổi, một linh mục người Pháp là Marchand, một người Hoa là Mạch Tấn Giai[19]

Theo GS. Nguyễn Phan Quang thì các "tội nhân" đó là: Nguyễn Văn Cù (con Khôi), giáo sĩ Joseph Marchand (Cố Du), Mạch Tấn Giai (gốc người Triều Châu), Nguyễn Văn Hoành, Nguyễn Văn Trắm, Nguyễn Văn Bột.[20].

Sau khi dẹp xong cuộc nổi dậy, triều thần Phan Bá Đạt dâng sớ xin kể tội Lê Văn Duyệt[2], vua Minh Mạng đồng ý và nhóm nội các là Hà Quyền, Nguyễn Tri Phương và Hoàng Quýnh ra án nghị Lê Văn Duyệt có bảy tội phải chém[2], hai tội phải thắt cổ[2], một tội phải sung quân[2], nhưng vì ông đã chết nên chỉ cho người tước sắc phong, phá và xiềng xích mồ mả.[2][10] Mãi cho tới đời vua Thiệu Trị án mới được dỡ bỏ.[2]

Cuộc nổi dậy này đã khiến vua Minh Mạng phá hủy tòa thành kiên cố cũ là Thành Bát Quái và cho xây tòa thành nhỏ hơn, ít kiên cố hơn là Thành Gia Định (hay Phượng Thành, Phụng Thành).[21][22][23][24]

• Xem thêm Lăng Ông Bà Chiểu